医院设有消化内科、神经内科、呼吸内科、心血管内科、肾内科、普外一科、普外二科、脊柱外科、关节外科、神经外科、心胸外科、泌尿外科、妇科、产科、儿科、新生儿科、儿童保健科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、ICU（重症医学科）、康复医学科、急诊科、感染性疾病科、功能科、疼痛科、麻醉科、超声科、放射介入科、医学影像诊断中心、病理科、检验科、药剂科等临床科室和医技科室。
一、江西省医学重点专科建设学科：心血管内科、关节外科。
二、于都县重点学科：泌尿外科。
三、医院重点科室：泌尿外科、关节外科。
四、医院重点建设发展学科：心血管内科、肾内科、心胸外科、感染性疾病科、眼科。
一、优势病种：冠心病、结构性心脏病、心脏重症、高血压、心衰、泌尿系结石、泌尿道感染、前列腺炎、勃起功能障碍（阳痿）、早泄、男性不育、女性压力性尿失禁、原发性肾小球肾炎、肾病综合征、各种继发性肾小球疾病、糖尿病及其并发症、类风湿关节炎、骨关节炎、系统性红斑狼疮、痛风、干燥综合征、硬皮病、肺部肿瘤、食管肿瘤、贲门肿瘤、胸部损伤、病毒性肝炎、酒精性肝炎、自身免疫性肝炎、非酒精性脂肪性肝炎、各种肝炎肝硬化、肝硬化并发症、肺结核咯血、结核性脑膜炎、结核性胸膜炎、手足口病、青光眼、白内障。
二、优势技术：经桡动脉（股动脉）冠脉介入、临时及永久起搏器植入、阵发性室上速射频消融、结构性心脏病（房缺）介入治疗、经尿道等离子前列腺剜除微创手术、腹腔镜下肾切除术、腹腔镜下肾癌根治术、腹腔镜下肾盂癌根治术、腹腔镜下前列腺癌根治术、膀胱癌根治+原位回肠新膀胱术、无张力尿道中段悬吊术、血液净化技术、微小创伤胸外科手术、髋/膝关节置换术、膝关节镜及肩关节镜技术、各种内固定及外固定技术治疗各种骨折、白内障超声乳化吸除合并人工晶体植入术、荧光素钠眼底血管造影术、玻璃体腔注药术。
